r - Hvorfor kan jeg ikke bruge funktionen read.affybatch () i biocLite ('affy') ved hjælp af RStudio?

Indlæg af Hanne Mølgaard Plasc

Problem



Jeg har nogle Affymetrix data, som jeg gerne vil åbne ved hjælp af kommandoen read.affybatch() i affy. Jeg har hentet pakkerne biocLite og affy uden problemer, men så snart jeg forsøger at læse mine .CEL filer ved hjælp af kommandoen læs, kommer det op med følgende problem:


Library - package hgu133acdf not installed
Library - package hgu133acdf not installed
In addition: Warning messages:
1: In read.affybatch(filenames = "MonoHypo\_U133A\_04\_12\_03.CEL", "MonoC\_U133A\_04\_12\_03.CEL",  :
  Incompatible phenoData object. Created a new one.

2: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:Program FilesRR-3.3.2library" C:windowsTEMPRtmpKKBTXV/downloaded\_packages/hgu133acdf\_2.18.0.tar.gz' had status 1 
3: In install.packages(cdfname, lib = lib, repos = biocinstallRepos(),  :
  installation of package ‘hgu133acdf’ had non-zero exit status
4: missing cdf environment! in show(AffyBatch) 
5: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:Program FilesRR-3.3.2library" C:windowsTEMPRtmpKKBTXV/downloaded\_packages/hgu133acdf\_2.18.0.tar.gz' had status 1 
6: In install.packages(cdfname, lib = lib, repos = biocinstallRepos(),  :
  installation of package ‘hgu133acdf’ had non-zero exit status 


Så problemet ser ud til at være denne pakke hgu133acdf, men ved hjælp af kommandoen fra BioConductor for at installere denne pakke får jeg følgende fejl:


biocLite("hgu133acdf")
BioC\_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
Installing package(s) ‘hgu133acdf’
installing the source package ‘hgu133acdf’

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.4/data/annotation/src/contrib/hgu133acdf\_2.18.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1732200 bytes (1.7 MB)
downloaded 1.7 MB

'\filestore.soton.ac.ukusers
l1e15mydocumentsPhDPhD Year 1 2016-2017AnalysisIn SilicoRHypoxia and Normoxia Monocytes'
CMD.EXE was started with the above path as the current directory.
UNC paths are not supported.  Defaulting to Windows directory.
ERROR: unable to create 'C:/Program Files/R/R-3.3.2/library/hgu133acdf'

The downloaded source packages are in
    ‘C:WindowsTempRtmpKKBTXVdownloaded\_packages’
Warning messages:
1: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:Program FilesRR-3.3.2library" C:windowsTEMPRtmpKKBTXV/downloaded\_packages/hgu133acdf\_2.18.0.tar.gz' had status 1 
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘hgu133acdf’ had non-zero exit status


Jeg har forsøgt at installere hgu133acdf til mit lokale drev ved hjælp af biocLite("hgu133acdf", lib="C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"), men det samme non-zero exit status kommer op. Nogle gange fortæller det mig, at jeg skal opdatere nlme, så jeg prøver det, men nlme\_3.1-130 er ikke kompatibel med R-3-3-2 eller når jeg opdaterer pakken virker det stadig ikke.

Bedste reference


Så hvis nogen var nysgerrig, efter timer at lege med R, fandt jeg endelig løsningen. Da jeg har en arbejdsbærbar computer, tillades ikke administrative rettigheder automatisk, så jeg stiller sikkerhed for mappen, alle mine pakker henter til for at tillade alt. Jeg kørte R som administrator, installerede alle de nødvendige pakker, der blev gemt, da jeg prøvede read.affybatch () kommandoen, og det fungerede!