windows - R - Ingen toppe vises i min bedgraph Sushi plot

Indlæg af Hanne Mølgaard Plasc

Problem



Jeg har brugt følgende kode:
`Bibliotek ( 'Sushi')


# Import dataset to R
chrom = "chr3"
chromstart = 189349216
chromend = 189615068
# Plot bedgragh 
plotBedgraph(Test\_bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol= 
SushiColors(5))
# Label genome 
labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=4,scale="Mb")
# Label y axis
mtext("Read depth",side=2,line=3,cex=1,font=2)
axis(side=2,las=2,tcl=.2)`


at plotte CHIP-seq data fra UCSC, men ingen toppe vises. For at udelukke den type data, der anvendes (broadpeak, narrowpeak), og hvis det er specifikt for det område, jeg ser på, har jeg importeret forskellige topdata i andre regioner, og det slutter alligevel ikke at uddanne nogen toppe. min oprindelige region (uden toppe):
Indtast billedbeskrivelse her


Koden l anvendt ovenfor er lige fra 'Sushi' -pakken dokumentation. Hvordan laver jeg dette, så jeg kan lave plots som dette (med toppe):
Indtast billedbeskrivelse her

Bedste reference