linux - TCGA2STAT R pakke virker ikke i Windows: Sådan løses?

Indlæg af Hanne Mølgaard Plasc

Problem



Som nævnt i titlen fungerer TCGA2STAT R package ikke i Windows.
(som til download af komprimerede TCGA-data fra bred institutserver)


Når jeg kører funktionen getTCGA, opstår følgende fejl:



  Fejl: TAR er ikke installeret i systemet. Data unzip mislykkedes.



Jeg forsøgte at installere cygwin, Rtools, 7zip, osv. Baseret på internet søgeresultater, men ingen af ​​dem arbejdede.


Jeg ved ikke, om Windows selv er et problem.


Er der nogen anden løsning end at køre på Linux?


Tak på forhånd.


BH Kim

Bedste reference


Hvis du har installeret Rtools, skal du muligvis eksplicit indstille stien til din Rtools installation, for eksempel


Sys.setenv(R\_GZIPCMD ="C:\Rtools\bin\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\Rtools\bin\tar")


Det kan også hjælpe med at tjekke


Sys.which("tar")


For at se, om der er en anden version af tjære, der kan være modstridende

Andre referencer 1


Til esther
efter ændring til Sys.setenv (TAR='C: \ Rtools \ bin \ tar') blev der vist følgende fejl:


getTCGA (sygdom='LUSC', data.type='RNASeq2', type='', filter='Y',

+ p=getOption ('mc.cores', 2L), klinisk=FALSE, cvars='OS')


RNASeqV2 data will be imported! This may take some time!

gzip: stdin: invalid compressed data--format violated
/Rtools/bin/tar: Unexpected EOF in archive
/Rtools/bin/tar: Unexpected EOF in archive
/Rtools/bin/tar: Error is not recoverable: exiting now
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : more columns than column names
In addition: Warning messages:
1: running command 'C:Rtoolsin	ar -ztf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz"' had status 2 
2: running command 'C:Rtoolsin	ar -zxf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz" "gdac.broadinstitute.org\_LUSC.Merge\_rnaseqv2\_\_illuminahiseq\_rnaseqv2\_\_unc\_edu\_\_Level\_3\_\_RSEM\_genes\_normalized\_\_data.Level\_3.2016012800.0.0/LUSC.rnaseqv2\_\_illuminahiseq\_rnaseqv2\_\_unc\_edu\_\_Level\_3\_\_RSEM\_genes\_normalized\_\_data.data.txt"' had status 2 
3: In utils::untar(paste(dataset, "-RNAseq2GeneNorm.tar.gz", sep = ""),  :
  ‘C:Rtoolsin	ar -zxf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz" "gdac.broadinstitute.org\_LUSC.Merge\_rnaseqv2\_\_illuminahiseq\_rnaseqv2\_\_unc\_edu\_\_Level\_3\_\_RSEM\_genes\_normalized\_\_data.Level\_3.2016012800.0.0/LUSC.rnaseqv2\_\_illuminahiseq\_rnaseqv2\_\_unc\_edu\_\_Level\_3\_\_RSEM\_genes\_normalized\_\_data.data.txt"’ returned error code 2
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls